日本的商标授权确权制度的基本是注册主义，同时杂糅和借鉴了部分应用主义的规定。日本的商标申请注册，应该向日本特许厅递交商标注册申请文件，日本特许厅依职权对商标进行全面的审查，包含情势审查和本质审查。日本商标审查的内容我们在《日本商标注册审查重要内容及根本流程浅析》一文中已经介绍过了，这里不再赘述。

审查内容如果未通过审查绝对事由和相对事由，则审查人员必需向申请人发出驳回通知，同时通知其在必定期限内有提出看法的权力来进一步解释自己申请的商标，提起看法书制度可认为审查人员进一步断定供给更多的参考。

如果通过审查，则申请商标予以注册并进行公告。日本商标注册环节，日本也看重商标的应用问题，在审查进程中，审查员可以请求商标申请人供给真实应用商标的意图的证据，该制度可以有效减少缺少应用意图的商标抢注行动。

日本于1996年由异议前置改为后置，异议理由和异议人的主体资历均无穷制，异议受理部门特许厅审讯部，实施行政一审。经审理以为异议理由不成立的，直接判决保持注册，无需被异议人答辩；以为异议理由成立的，则向被异议人发出撤销理由通知，才由被异议人陈说看法，然后做出保持或者撤销的判决。

商标的无效应该由申请人先向日本特许厅提出申请，之落后入审理中，审查员依据申请人和商标所有人供给的看法、理由和证据进行断定，特许厅商标审讯部可以根据职权收集的资料进行审理，包含证人证言的采用。

日本特许厅做出裁决之后，如果当事人不服，可以向法院提起诉讼，依据2015年的统计数据，司法审查保持行政决议的比例在60%以上，涉及双方当事人的案件是由双方当事人出庭，审查员可不直接参与应诉，因此在审理相干案件时心态也可以较为放松。

关于日本商标应用方面的制度，一个是，日本有关商标撤销制度请求持续三年未应用则有可能被撤销。另一个有特点的制度是商标先用权的规定，日本对通过应用积聚了必定商誉的未注册商标会加以掩护，这一制度从1921年一直延续至今，已经形成了完全的系统，该规定许可在先应用的商标即使在他人获准商标注册后仍可持续应用，但是在先应用依然是一种法律事实，并不发生任何权力关系，是一种消极权能。