深圳商标注册指的是在深圳正常经营的企业为了维护自身的合法权益进行的商标申请，申请部门是在北京的商标局。

深圳商标注册申请时首先需要做的是，向国家商标局提交商标注册申请书，该申请书中必须有一份申请注册的标志的清晰图样，包括任何颜色、形状或立体特征。该申请书中还必须列出使用该标志的商品或服务的清单。

其次是该标志必须符合若干条件，才能作为商标或其他类型的标记受到保护。该标志须有显著性特征，使消费者能将其作为识别某具体产品的标志加以区别，并与识别其他产品的其他商标区分开来。该标志不得误导或欺骗消费者，也不得违反公共秩序或公共道德。

最后，所申请的商标权不得与已经授予另一商标注册人的商标权相同或相似。这一点可以通过国家局的检索和审查，或通过提出相似或相同权利主张的第三方所提出的异议，予以确定。

目前除了商标局之外，也可以由个体商标代理部门注册。个体商标注册所，可以查询是否在中国商标总局备案。