保税业务场景包括进出口报关、仓储管理、物流配送等内容。

综合保税区拥有多种外向型功能，包括国际中转、配送、采购和转口贸易等。保税物流中心/物流园区具备这些功能，并开展保税仓储、流通性简单加工、包装及增值服务等。生产物流和流通物流是保税物流的主要分类，生产物流是进出口加工，流通物流则是进出口备货及成品销售区。保税区可作为境内关外的一个临时缓冲区，即使贸易手续不全，也可将货物提前进入该区寄存，再处理后续过程。在双向海外仓模式中，卖家将利润高的货物、贵重货物退货运回国内保税仓，以安排维修处置和再销售，从而减少退件损失。保税区最常见的功能是加工贸易，即对货物进行本质性加工生产。

国家级出口加工区都有单独的海关关区代码，是集保税加工、物流、研发、检测、维修等功能为一体的综合保税区，是政策最优、机制最活、通关最快的对外开放区域。加工贸易的保税货物有三类：一是供加贸（来料加工）加工成品后复出口的进口料件；二是外国商品寄售业务、外国产品维修业务、外汇免税商品及保税生产材料市场；三是转口贸易货物、外商存放货物及国际航行船舶所需的燃料、物衬和零配件等。所有货物进出监管区，都经过保税仓系统的在册管理。

保税生产的物流系统对工厂内部的原材料、半成品、成品及零部件等进行存储和输送，着重于物流与实时生产的对接。区内生产线边的库存较低，物料需要从仓库送到生产线，对配货效率及频次要求高。区内企业生产的最终产品多数是直接出口的。对于出口转内销的产品，需要按照特定税号进行清关进口。无本质性加工的流通性保税物流如消费型产品的成品进入综合保税区，只检疫不检验，模式灵巧。

大宗物资的保税仓中，投行可通过仓储掌握出货节奏并进行套利，如金属期货实物交割、质押、延期交货等操作。跨境B2B电商所碰到的交付、结算及结汇等难题可以利用保税区的特征搭建“结算仓”的交易体系。当采购方付款后，保税仓的仓库工作人员就把供货商库存移到买家库存，以银行支付信息作为保税区内货权交割的依据，使保税仓成为进出口供给链的监管角色。同时，随着综合保税区全面实用跨境保税进口政策，各城市试点期间的稀缺性、政策先导优点将被拉平。

此外，保税仓库内管理提供多种电商仓配服务，包括货物拍照、盘点、贴标包装、分拣、产品组合、放宣传页、加固包装、分级分选、称重包装等。在多个试点城市盘活了当地保税园区的仓储，37个大中城市的跨境电商试验区遍及全国，为商品流通提供存储、分拣、配送等服务，连接贸易商和消费者。随着综合保税区的全面实用跨境保税进口政策，各城市试点期间的稀缺性、政策先导优点将被拉平。